Действие романа, по мнению большинства исследователей, происходит весной 1929 года — это время, когда начинает разворачиваться машина сталинского террора: московские сцены романа буквально пронизаны присутствием набирающих силу «органов». Оно столь же ощутимо, сколь и невидимо: возможно, причиной тому были надежды на публикацию или художественная интуиция, подсказывающая, что НКВД присутствует в обыденной жизни москвичей именно как фигура умолчания, «те-кого-нельзя-называть». Так или иначе, в романе органы госбезопасности не упоминаются ни разу, даже через эвфемизмы, и вместе с тем их присутствие всепроникающе и физически ощутимо. Это ощущение создаётся языковыми средствами и действиями персонажей, которые совершенно типичны и понятны для современного Булгакову читателя — даже без упоминания инстанций, эти действия спровоцировавших.
Математик Виктор Маслов в статье о романе показывает, что невидимое присутствие органов воздействует на язык романа, как металл на стрелку компаса: Аннушку «выпроводили», Никанору Ивановичу «намекнули», Варенуха собирается нести документы «туда», а Римский пытается «туда» позвонить — для читателя, живущего в том же мире, что и булгаковские герои, не требуется специальных пояснений, что означает это «туда» и кто именно намекает и выпроваживает. Бездомный и Берлиоз при виде иностранца сразу думают, что это шпион и «его нужно разъяснить», — и когда Берлиоз собирается, прервав беседу с Воландом, сбегать на угол и «звякнуть» по телефону, опять же нет никаких сомнений, куда именно и с какой целью он намеревается позвонить.
Таинственные исчезновения посетителей «нехорошей квартиры» никак не объясняются — но опять же всем понятно, что виноваты в них вовсе не происки потусторонних сил. При этом органы в каком-то смысле оказываются не менее опасными и могущественными, чем дьявольская свита.